gun

Interpretation of Shotgun Proteomic Data: The Protein Inference Problem

Alexey I. Nesvizhskii
Oct 1, 2005; 4:1419-1440
Tutorial




gun

Comparison of Label-free Methods for Quantifying Human Proteins by Shotgun Proteomics

William M. Old
Oct 1, 2005; 4:1487-1502
Research






gun

MaxQuant software for ion mobility enhanced shotgun proteomics

Nikita Prianichnikov
Mar 10, 2020; 0:TIR119.001720v1-mcp.TIR119.001720
Technological Innovation and Resources




gun

HDL and pancreatic {beta} cells: a SMO-king gun?

Liam R. Brunham
Apr 1, 2020; 61:468-469
Commentary




gun

MaxQuant software for ion mobility enhanced shotgun proteomics [Technological Innovation and Resources]

Ion mobility can add a dimension to LC-MS based shotgun proteomics which has the potential to boost proteome coverage, quantification accuracy and dynamic range.  Required for this is suitable software that extracts the information contained in the four-dimensional (4D) data space spanned by m/z, retention time, ion mobility and signal intensity. Here we describe the ion mobility enhanced MaxQuant software, which utilizes the added data dimension. It offers an end to end computational workflow for the identification and quantification of peptides and proteins in LC-IMS-MS/MS shotgun proteomics data. We apply it to trapped ion mobility spectrometry (TIMS) coupled to a quadrupole time-of-flight (QTOF) analyzer. A highly parallelizable 4D feature detection algorithm extracts peaks which are assembled to isotope patterns. Masses are recalibrated with a non-linear m/z, retention time, ion mobility and signal intensity dependent model, based on peptides from the sample. A new matching between runs (MBR) algorithm that utilizes collisional cross section (CCS) values of MS1 features in the matching process significantly gains specificity from the extra dimension. Prerequisite for using CCS values in MBR is a relative alignment of the ion mobility values between the runs. The missing value problem in protein quantification over many samples is greatly reduced by CCS aware MBR.MS1 level label-free quantification is also implemented which proves to be highly precise and accurate on a benchmark dataset with known ground truth. MaxQuant for LC-IMS-MS/MS is part of the basic MaxQuant release and can be downloaded from http://maxquant.org.




gun

International Arms Trade Treaty: Gun Control

1 October 2008 , Number 11

Nuclear, biological or chemical weapons and acts of terror may make the headlines, but it is conventional arms that take the lives in large numbers; maybe around a thousand a day. This month, a United Nations committee will try to find a way to limit the arms trade with a new treaty. For those facing the barrel of a gun, it cannot come a moment too soon.

Paul Cornish

Head, International Security Programme, Chatham House




gun

HDL and pancreatic {beta} cells: a SMO-king gun? [Commentary]




gun

International Arms Trade Treaty: Gun Control

1 October 2008 , Number 11

Nuclear, biological or chemical weapons and acts of terror may make the headlines, but it is conventional arms that take the lives in large numbers; maybe around a thousand a day. This month, a United Nations committee will try to find a way to limit the arms trade with a new treaty. For those facing the barrel of a gun, it cannot come a moment too soon.

Paul Cornish

Head, International Security Programme, Chatham House




gun

The Elements of Power: Gadgets, Guns and the Struggle for a Sustainable Future in the Rare Metal Age

Invitation Only Research Event

19 May 2016 - 5:00pm to 6:30pm

Chatham House, London, UK

At this session, the speaker will argue that our future hinges on a set of elements that receive scant attention even from those whose fortunes rely upon them. The speaker will outline why our electronic gadgets, the most powerful armies and indeed the fate of our planet depend on producing sustainable supplies of rare metals. He will outline some of the  new environmental, economic, and geopolitical consequences of supply chains and discuss the dynamics of the rare metal markets which are vastly different than traditional commodities traded on open exchanges. The speaker will also address some of the security of supply issues arising from China's role as the dominant consumer and producer of most of the world’s minor metals. Finally, the discussion will also include what countries and companies can do to ensure resilient supply lines.

Attendance at this event is by invitation only. 

Owen Grafham

Manager, Energy, Environment and Resources Programme
+44 (0)20 7957 5708




gun

Connecticut Supreme Court OKs Part of Newtown Parents' Gun Industry Lawsuit

The state's highest court allowed some claims brought on behalf of relatives of victims of the 2012 mass shooting at Sandy Hook Elementary School to proceed against the firearms industry.




gun

Gun control : what Australia got right (and wrong) / Tom Frame.

Gun control -- Australia.




gun

Descriptive Biochemie : mit besonderer Berücksichtigung der chemischen Arbeitsmethoden / von Sigmund Fränkel.

Wiesbaden : J.F. Bergmann, 1907.




gun

Diagnose und Therapie der Krankheiten des Menschen : mit Zugrundelegung der Lehren und Recepturen der ersten medicinisch-chirurgischen Autoritäten, und Anführung von 1500 Receptformeln im metrischen Gewichte, nebst einem Anhange über Balneo

Wien : M. Perles, 1878.




gun

Die accessorischen Geschlechtsdrusen der Wirbeltiere, mit besonderer Berucksichtigung des Menschen / von Rudolf Disselhorst.

Wiesbaden : J.F. Bergmann, 1897.




gun

Die Achsenzug-Zangen mit besonderer Berücksichtigung der Tarnier'schen Zangen eine geburtshülfliche Abhandlung. / von Prof. Dr. Lahs.

Stuttgart : F. Enke, 1881.




gun

Die Athembewegungen : eine physiologisch-pathologische Studie / von Franz Riegel.

Wurzburg : A. Stuber, 1873.




gun

Die Beseitigung und Verwertung des Hausmülls vom hygienischen und volkswirtschaftlichen Standpunkte / von J. H. Vogel.

Jena : Fischer, 1897.




gun

Die Entstehung der Gefahr im Krankheitsverlaufe : mit besonderer Berücksichtigung der Diagnose der Gefahr, ihrer Prophylaxe und Therapie / von L.M. Politzer.

Wien : W. Braumuller, 1878.




gun

Die Erkrankungen der weiblichen Harnröhre und Blase : mit besonderer Berucksichtigung der Endoskopie und Cystoskopie dargestellt / von Gustav Kolischer.

Leipzig : F. Deuticke, 1898.




gun

Die Erkrankungen des Nervensystems nach Unfällen : mit besonderer Berücksichtigung der Untersuchung und Begutachtung / von Heinrich Sachs und C.S. Freund.

Berlin : Fischer, 1899.




gun

Die familiale Verpflegung Geisteskranker (System der Irren-Colonie Gheel) der Irren-Anstalt der Stadt Berlin zu Dalldorf in den Jahren 1885 bis 1893. / von Alfred Bothe.

Berlin : J. Springer, 1893.




gun

Die Grosshirnwindungen des Menschen mit Berücksichtigung ihrer Entwicklung bei dem Fötus und ihrer Anordnung bei den Affen / neu untersucht und beschrieben von Th. L.W. Bischoff.

Munchen : Verlag der K. Akademie, in commission bei G. Franz, 1868.




gun

Die Harncylinder : mit besonderer Berucksichtigung ihrer diagnostischen Bedeutung : gekronte Preisschrift / von A. Burkart.

Berlin : A. Hirschwald, 1874.




gun

Die Heilbarkeit der Taubheit : zur Beherzigung für Ohrenkranke und deren Aerzte / von W. Kramer.

Berlin : Nicolai, 1842.




gun

Die Hundestaupe : ihre Vorbeugung und Behandlung durch Impfung / von Friedrich Richter.

Dessau : Rot, 1908.




gun

Die Inhalations-Therapie in Krankheiten der Respirations-Organe : mit besonderer Berücksichtigung der durch das Laryngoscop ermittelten Krankheiten des Kehlkopfs / von Georg Lewin.

Berlin : A. Hirschwald, 1865.




gun

Die Krankheiten der Nase : ihrer Nebenhöhlen und des Nasenrachenraumes mit besonderer Berücksichtigung der rhinologischen Propaedeutik für praktische Aerzte und Studirende / von Carl Zarniko.

Berlin : S. Karger, 1894.




gun

Die krankheiten der nase und des nasenrachens mit besonderer berücksichtigung der rhinologischen propädeutik / von dr. Carl Zarniko.

Berlin : Karger, 1903.




gun

Die mechanische Bedeutung ser Schienbeinform : mit besonderer Berücksichtigung der Platyknemie ... / von Hugo Hieronymus Hirsch ; mit einem Vorwort von Rudolf Virchow.

Berlin : J. Springer, 1895.




gun

Die mikroorganismen; mit besonderer berücksichtigung der aetiologie der infectionskrankheiten / von C. Flugge.

Leipzig : Vogel, 1886.




gun

Die mikroorganismen : Mit besonderer berücksichtigung der ätiologie der infektionskrankheiten / von C. Flugge.

Leipzig : Vogel, 1896.




gun

Die moderne Behandlung der Nervenschwäche (Neurasthenie) der Hysterie und verwandter Leiden : mit besonderer Berücksichtigung der Luftcuren, Bäder, Anstaltsbehandlung und der Mitchell-Playfair’schen Mastkur / von Dr. Loewenfeld.

Wiesbaden : J.F. Bergmann, 1889.




gun

Die Moderne physiologische Psychologie in Deutschland : eine historisch-kritische Untersuchung mit besonderer Berücksichtigung des Problems der Aufmerksamkeit / von W. Heinrich.

Zürich : Speidel, 1895.




gun

Die Neigungen und Beugungen der Gebarmutter nach vorn und hinten / klinisch bearbeitet von Eduard Martin.

Berlin : A. Hirschwald, 1870.




gun

Die nervösen Krankheitserscheinungen der Lepra : mit besonderer Berücksichtigung ihrer Differential-Diagnose : nach eignen auf einer Studienreise in Sarajevo und Constantinopel gesammelten Erfahrungen / von Max Laehr.

Berlin : G. Reimer, 1899.




gun

Die Schlaf- und Traumzustände der menschlicher Seele, mit besonderer Berücksichtigung ihres Verhältnisses zu den psychischen Alienationen / von Heinrich Spitta.

Freiburg i. B. : J.C.B. Mohr, 1892.




gun

Die Schwindsucht im Lichte der Statistik und Socialpolitik : mit besonderer Berücksichtigung der staatlichen und privaten Versicherung ; eine Arbeit aus dem königlichen Versicherungsseminar der Universität Göttingen / von Wilhelm Kley.

Leipzig : Duncker & Humblot, 1898.




gun

Die topographische Myologie des Pferdes : mit besonderer Berücksichtigung der locomotorischen Wirkung der Muskeln / von K. Günther.

Hannover : C. Rumpler, 1866.




gun

Die Übertragung der Masern / von Ernst Reger.

Wiesbaden : J.F. Bergmann, 1892.




gun

Die Ueberanstrengung des Herzens : sechs Abhandlungen / von Thomas Clifford Allbutt [and others] ; herausgegeben von Johannes Seitz.

Berlin : A. Hirschwald, 1875.




gun

Die Verjüngung des menschlichen Lebens : und die Mittel und Wege zu ihrer Kultur / nach physiologischen Untersuchungen in praktischer Anwendung dargestlellt von C.H. Schultz-Schultzenstein.

Berlin : A. Hirschwald, 1850.




gun

Die Verunreinigung der Gewässer, deren schädliche Folgen, sowie die Reinigung von Trink-und Schmutzwasser / von J. Konig.

Berlin : J. Springer, 1899.




gun

Die wissenschaftliche Ueberzeugung, ihre Stufen und Schranken : mit besonderer Bezugnahme auf H. Helmholtz / von W. Oehlmann.

Köthen : Schettler, 1875.




gun

Digitalis purpurea in ihren physiologischen und therapeutischen Wirkungen unter besonderer Berücksichtigung des Digitalin : mit Benutzung der gesammten medicinischen Literatur monographisch dargestellt / von Bernhard Bähr.

Leipzig : T.O. Weigel, 1859.




gun

Einführung in das Studium der Bakteriologie : mit besonderer Berücksichtigung der mikroskopischen Technik für Aerzte und Studirende / bearbeitet von Carl Günther.

Leipzig : G. Thieme, 1893.




gun

Einleitung in die vergleichende gehirnphysiologie und Vergleichende psychologie : mit besonderer berücksichtigung der wirbellosen thiere / von Jacques Loeb.

Leipzig : J.A. Barth, 1899.




gun

Embryologie und Infections-Krankheits-Uebertragung, sowie die Blutserum-Therapie / von Heinrich Janke.

Berlin : Heuser, 1894.




gun

A Scottish gamekeeper armed with a gun, standing on a mountain-top in the falling snow: he holds a shot eagle in his right hand, and a hound stands at his side. Engraving by J. Outrim, 1856, after E.H. Landseer.

[1856]